Dal 20 novembre 1911 suor Alfonsa fu a Vercelli, ove rimase per diciannove anni, fino alla fine della sua vita.
Il «Ritiro della Provvidenza» di Vercelli era stato fondato intorno al 1840 da Salvatore e Paolo Montagnini, sacerdoti vercellesi che alla non comune spiritualità e cultura unirono una significativa sensibilità ai problemi sociali della loro città. Lo scopo dell'Istituto era l'educazione delle giovani, con assoluta preferenza per quelle povere e con precarie situazioni familiari.
In qualità di direttrice, fu incaricata della guida dell'Istituto della Provvidenza. Le Suore del Preziosissimo Sangue erano state chiamate dal Consiglio di Amministrazione per ridare vitalità a una realtà scolastico-assistenziale in difficoltà, a condizione però "di conservare e mantenere tutto il personale già operante nell'Istituto”.
La richiesta delle suore per il «Ritiro» di Vercelli era stata accettata subito, perché l'opera era in sintonia con le finalità educative della Congregazione, nonostante l'intuizione della «difficile posizione» nella quale le suore si sarebbero trovate. Questa sobria annotazione nelle Cronache della Congregazione trovò una conferma di gran lunga superiore alle previsioni; le difficoltà erano anzitutto di carattere amministrativo e il problema più delicato era tuttavia il riordinamento interno dell'Istituto: le suore erano state chiamate a Vercelli dall'Arcivescovo, Mons. Teodoro Valfrè di Bonzo, per succedere nella direzione dell'Istituto ad alcune Maestre laiche che, avendo speso in quel servizio tutte le energie giovanili, non erano più in grado di sostenerne da sole la gestione.
L'adattamento con le maestre laiche ivi operanti, il cui mantenimento in servizio era stato richiesto dal Consiglio di Amministrazione locale, non fu cosa semplice. Nonostante qualche comprensibile attrito, suor Alfonsa contribuì a creare nel Collegio un'atmosfera serena: era profondamente amata dalle educande, che seppe sapientemente formare sul piano spirituale, umano e culturale.
A Vercelli, tutta la vita spirituale della Serva di Dio si raccoglie a poco a poco intorno all'obbedienza che la introduce più intimamente nel mistero di Cristo, dalla sua umiliazione nell'Incarnazione, alla sua condivisione con gli uomini, alla sua immolazione per la gloria del Padre e la salvezza del mondo. Gli anni di Vercelli, che sono poi quelli conclusivi della sua vicenda terrena, sono dominati da una sapiente ed esigente pedagogia divina, alla quale Suor Alfonsa si abbandona con umile docilità, lasciando spazi sempre più ampi all'azione dello Spirito Santo.
«La grazia che vi domando oggi, o Santissima Trinità, - pregava Suor Alfonsa la sera della sua prima giornata a Vercelli - è di essere strumento di Dio nella direzione dell'Istituto, in maniera che le mie parole, le opere, il contegno, i rimproveri, i castighi, le correzioni, siano di edificazione e di sprone per condurre le anime al vostro amore».
Suor Alfonsa non mette mai in discussione la sua permanenza a Vercelli, ricomincia ogni giorno, rinnovando il suo abbandono e la sua fede nell'obbedienza: «Vedo le care Maestre infaticabili nel dovere e le figliuole prontamente obbedire, così le mie suore contente e liete passano i giorni nella casa che la Provvidenza ci ha preparato» -- così scrive Suor Alfonsa al presidente del Consiglio di amministrazione dell'Istituto, durante una sua assenza; sembra (e lo è) una visione ideale, una situazione guardata col cuore e in una dimensione di fede.
Pur nelle situazioni più difficili, suor Alfonsa non perse mai di vista che la dimensione più importante era l'educazione delle giovani ospiti dell'Istituto. Anche per questo non fece mai rivendicazioni personali, lasciò correre, accettò umiliazioni, contrasti, critiche, accuse e cercò di mirare sempre all'essenziale, al fine per il quale era stata chiamata a Vercelli. Di lei e degli anni trascorsi al «Ritiro» tutte le sue ex alunne conservano un ricordo affettuoso e commosso; «Per le sue figliole era una vera mamma; se sbagliavano, aveva una dolcezza nel riprenderle che non ebbe mai superiora alcuna; se venivano castigate, private della merenda o di altro, essa intercedeva presso le Maestre per ottenere loro il perdono, scusando la vivacità del carattere se il castigo era dovuto a parole o ad atti sgarbati, attribuendo a malessere la svogliatezza rimproverata nel lavoro. Ciascuna aveva la sicurezza di essere la privilegiata della Madre, per i molti riguardi che usava.., scoprendo poi che anche le altre allieve si ritenevano, ciascuna per la sua parte, delle privilegiate. Quello che edificava maggiormente era la sua grande bontà verso tutte, anche con quelle che le davano dei dispiaceri»
L'impegno educativo della Serva di Dio non si limitò infatti ad una specie di assistenza "pietosa" a fanciulle povere e culturalmente poco favorite, ma si tradusse in proposte e iniziative di ogni genere, sul piano religioso, spirituale, culturale per la loro autentica e il più possibile completa promozione umana e cristiana».
Suor Alfonsa viveva una preghiera molto intensa e profonda, e, proprio da questa fedeltà traeva la grazia di un quotidiano dimenticarsi e morire in un servizio non solo poco gratificante, ma anche carico di difficoltà e di problemi non facilmente risolvibili.
La costante comunione con Dio la rendeva buona e amabile sempre: «Suor Alfonsa era davvero un'anima santa, sempre serena, affabile e piena di bontà con tutti e in tutto..., recava nel volto ascetico e negli occhi dolcissimi la traccia della continua presenza di Dio nell'anima sua.
Si rispecchiava in lei la carità di Cristo, la carità dei santi, che in tutti vede Gesù, che si priva di tutto pur di fare del bene al prossimo. Quante persone avvilite e in procinto di perdersi furono da lei salvate e messe sulla via della fede e della speranza in Dio... Aveva sempre il medesimo sorriso buono, sereno, che ispirava confidenza; sia per le ragazze all’interno dell’Istituto come per le persone che ricorrevano a lei per avere consigli, per farsi perdonare, per confidarle le loro pene e quelle delle loro famiglie.
Il suo modo di essere e le sue stesse relazioni all'interno della comunità di Vercelli sono ricordate in stretta connessione con la sua vita interiore: «La sua anima viveva in perfetta unione con Dio, perciò le sue osservazioni e i suoi richiami ci spronavano a migliorarci, senza determinare in noi alcun risentimento.., ci voleva animate da spirito di fede nel disimpegno del nostro ufficio e desiderava che vedessimo nelle fanciulle a noi affidate anime da condurre a Dio... »… così ricordano unanimemente le ex allieve.
«Chi rimane in me --ha detto Gesù -- porta molto frutto, perché senza di me non potete far nulla» (Gv. 15,5). La fecondità apostolica è in proporzione diretta con questo «restare in Cristo» che è poi lo scopo ultimo della preghiera. Anche in Suor Alfonsa, come in tutti i santi, questo cammino di identificazione con Cristo comincia con una laboriosa e spesso faticosa ricerca personale che poi si trasforma in misura sempre più rilevante in adesione al progetto divino, in abbandono, in totale obbedienza, fino a quando anche lei può dire con verità: «non sono più io che vivo, è Cristo che vive in me» (Gal. 2,20).
La vita di suor Alfonsa fu molto semplice e si ridusse praticamente all'insegnamento nei collegi, prevalentemente a Monza e a Vercelli, e al servizio di carattere 'amministrativo' nella sua comunità religiosa, mansioni nella quali dovette affrontare non poche difficoltà
Nella notte tra il 12 e il 13 gennaio 1930 fu colpita da emorragia cerebrale: la trovarono nella sua stanza, nel suo abituale atteggiamento di preghiera, con la fronte per terra. Morì il giorno dopo il 14 gennaio 1930 verso le ore 13,30.
Il 16 gennaio vennero celebrati i solenni funerali nel Duomo di Vercelli, seguiti da una celebrazione nel trigesimo della morte, il 16 febbraio 1930, con la partecipazione delle autorità religiose e civili di Vercelli. Tante persone parteciparono al suo funerale e la sua morte fu sentita come un lutto cittadino. Lo si intuisce dall'elogio funebre apparso sul Corriere Eusebiano, settimanale diocesano di Vercelli che, nel darne notizia nell’edizione del 16 gennaio, si fece eco della stima profonda che circondava suor Alfonsa. Elogio che mette bene in luce le motivazioni profonde della partecipazione corale a quella morte: “la Serva di Dio aveva amato quella città come sua, aveva amato soprattutto le molte alunne del Ritiro della Provvidenza”.
È significativo il giudizio riportato nel verbale del Consiglio di amministrazione del Collegio che, prendendo ufficialmente atto della morte della direttrice, affermava:
«... che Suor Clerici fosse sinceramente amata dalle alunne, passate e presenti, ne fu testimonianza l'imponente manifestazione di cordoglio in occasione dei suoi funerali».
«Martedì, 14 gennaio, alle ore 13.30, dopo brevissimo e straziante malore, si addormentava nella pace di Cristo, munita dai SS. Sacramenti e confortata dalla Benedizione particolare del S. Padre e di S. E. Mons. Arcivescovo Suor Alfonsa Clerici delle Suore del Preziosissimo Sangue Superiora del Ritiro di Provvidenza. Un'anima di quelle che, sorridendo sanno compiere il loro dovere fino al sacrificio; che sanno amare appassionatamente la santità della loro missione; che nel mondo nulla hanno accolto in sé, se non la sofferenza del prossimo. Suor Alfonsa è morta nell'accorato silenzio della sua casa, quasi all'improvviso, nel materno timore di addolorare troppo le dilette consorelle e le carissime figliuole del suo Istituto. In 18 anni di operosità vercellese, pur assorta nella sua quotidiana opera di carità, aveva acquistato la stima di tutti quelli (e sono molti) i quali sanno discernere le virtù evangeliche che fioriscono nelle vie più appartate della vita. Era ‘la dolce mamma di tutti’ nell'Istituto: sapeva comandare per volontà d'amore: la 'Provvidenza' viveva in un regime familiare in cui tutti - imitando la 'Madre' - avevano imparato a volersi bene>
«A Vercelli - aveva scritto Suor Alfonsa - neppure un'ora ci sono rimasta di mio piacere». Avrebbe potuto essere, il suo, un servizio generoso, ma portato avanti a fatica, con insofferenza, in atteggiamento di vittima (le ragioni c'erano e tante!). E’ stata invece un'oblazione pura, un'offerta di sé bruciata ogni giorno sul fuoco dell'amore. Dio l'ha accolta e l'ha trasformata in un canto.
Lei non lo sapeva, ma il suo sguardo era fisso all'Amore, proprio per questo ogni suo umilissimo gesto veniva trasformato in amore ed era lode, profumo d'incenso al volto di Dio.
Nel 1965 la sua salma fu traslata con grande solennità dal cimitero alla Cappella dell'Istituto dove per tanti anni aveva insegnato.
La fama di santità che circondò suor Alfonsa, si diffuse soprattutto dopo la sua morte; prevalentemente circoscritta ai luoghi dove ella aveva vissuto e operato, ma ora sta crescendo via, via in Italia e all’estero.
