Alfonsa Clerici nacque il 14 febbraio 1860 a Lainate (Milano), prima dei dieci figli di Angelo Clerici e Maria Romanò.
La piccola Alfonsa fu battezzata nella chiesa S. Vittore Martire di Lainate il giorno dopo la nascita, il 15 febbraio 1860, dal parroco don Francesco Spreafico.
Era la primogenita di una coppia di «umili, ma onestissimi e religiosi contadini, che guadagnavano il pane quotidiano con la fatica e il frutto del loro lavoro»; erano anche molto religiosi e la chiamata di Dio in casa Clerici si manifestò anche in altri tre suoi fratelli che divennero religiosi: due barnabiti, Prospero e Ildefonso, e la sorella Bonaventura, che diventerà una Suora del Preziosissimo Sangue.
Nella sua infanzia fu "delicata e graziosa, di carattere dolcissimo, sensibile alla pietà, pieghevole all'obbedienza”. Un' esperienza dolorosa, già da quando aveva sei anni, è stata la morte in famiglia: infatti, quattro sue sorelle morirono in tenera età.
All'età di otto anni, il 6 ottobre 1868, nella chiesa prepositurale di S. Stefano, in Nerviano, ricevette la Cresima da Sua Eccellenza mons. Luigi Nazari di Calabiana, arcivescovo di Milano; non si conosce, invece, la data della prima Comunione, ma tenuto conto della prassi allora vigente, si può ipotizzare che l'abbia ricevuta tra il 1870 e il 1872.
In questo periodo della sua fanciullezza è da notare la "fuga" da casa, in una sera d'estate, verso il vicino Santuario di Rho, a quattro chilometri da Lainate. Alla contadina che, stupita di vederla per strada a quell'ora del giorno, così piccola e così sola, le chiese dove era diretta, Alfonsa rispose: "Al Santuario, a dire le preghiere".
La prima istruzione la ricevette sicuramente già a casa, dal momento che il padre Angelo Clerici nelle sere d'inverno, insegnava ai contadini e ai figli gli elementi di lingua e di aritmetica. Quindi frequentò la scuola elementare, in Lainate.
Ultimata la formazione elementare, "considerata la sua spiccata inclinazione allo studio", a quindici anni (nel 1875), su interessamento di una zia materna, signora Giuseppina Romano, "fu iscritta al Collegio delle Suore del Preziosissimo Sangue, a Monza, per conseguire il diploma di Maestra".
Suor Alfonsa rimase in Collegio fino al 1878; tra il 1878 e il 1879, consegui il diploma di Maestra di grado superiore. Dal 1880 al 1883, insegnò nella Classe prima maschile della Scuola Comunale di Lainate.
Durante gli anni di Collegio, la giovane Alfonsa ebbe modo di chiarire a se stessa e alla famiglia la propria vocazione alla vita religiosa. Prima di decidere di andare in convento, parlò anzitutto con la zia Giuseppina, la stessa che l'aveva voluta a Monza a studiare.
