Il 15 agosto 1883, nonostante le costasse molto lasciare la famiglia, si recò a Monza, lasciando definitivamente Lainate ed entrò tra le suore del Preziosissimo Sangue.
Nell'agosto 1884 vestì l'abito religioso, iniziando il noviziato
Alla professione fu ammessa sottolineando la sua "semplicità, attività e obbedienza". Mons. Gaetano Annoni dopo l'esame canonico trovò la novizia "ferma e risoluta nella vocazione
Il 7 settembre 1886 quando conta 26 anni e mezzo, emise i voti temporanei. A suo fratello Prospero, che in quel medesimo anno fece la professione religiosa tra i Barnabiti, scrisse:
«Diamoci la mano dunque per salire al Calvario, ed io che ho l'onore di portare il nome di Suora del Preziosissimo Sangue, io sarò contenta ove più vi sarà di sacrificio, sarò contenta di spargere il sangue della volontà, dell'amor proprio».
Qualche settimana prima anche la sorella Bonaventura, era entrata nella Congregazione delle Suore del Preziosissimo Sangue.
Dopo la professione si dedicò all'attività di insegnante nel Collegio di Monza: dal 1887-1889 la vediamo come insegnante, diventando il 18 ottobre 1898 Vice-Direttrice del medesimo e il 22 novembre dello stesso anno, Direttrice.
Il suo compito era seguire le educande nello studio, accompagnarle nelle uscite, preparare le feste, rappresentare l'Istituto nelle circostanze ufficiali.
Nel 1906 l'Istituto attraversò un grave periodo di crisi a causa di alcune imprudenze nella gestione economica. Suor Alfonsa mediante le sue doti di saggezza e prudenza, svolse un «ruolo determinante per la soluzione della crisi che sfociò in una vera e propria rifondazione dell'Istituto», lo riteneva infatti, come ella stessa scrisse al Card. Ferrari, che si trattava di "una Comunità da riordinare, da riformare, ma non da disperdere”.
